引言
In silico（计算机模拟）预测与多组学实验验证的结合，是阐明非经典剪接位点变异致病机制的有力武器。在一项针对家族性同型半胱氨酸血症的研究中，RDDC中RNA Splicer工具通过其精准的预测能力，成功揭示了一个位于MTHFR基因非经典剪接位点的新型变异的功能后果。RDDC预测的外显子跳跃模式随后被TA克隆测序和RNA-seq数据精确验证，不仅阐明了该变异的致病性，也为该疾病提供了"预测-多组学验证"的诊断范式。
研究挑战：WES发现非经典剪接位点的VUS
本研究的挑战源于一名12岁癫痫患儿，其血同型半胱氨酸水平显著升高（155.2μmol/L），诊断为MTHFR缺陷。全外显子测序（WES）发现其携带MTHFR基因的复合杂合变异：一个是已知的错义突变c.1316T>C，另一个是位于内含子5非经典剪接位点（-6位）的新型变异c.781-6G>A。这个c.781-6G>A变异在人群数据库中未见报道，是一个典型的"意义未明变异"（VUS）。虽然其他工具（如MaxEntScan）提示该位点得分下降，但其具体的剪接后果仍需更精确的预测和实验验证。
RDDC精准预测：揭示三种潜在剪接模式
为了在投入实验资源前评估c.781-6G>A变异的潜在影响，研究团队使用了RDDC中RNA Splicer工具进行预测。该模型基于先进算法，能够精细预测非经典剪接位点变异可能引发的剪接模式改变。针对该变异，RDDC预测了三种主要的可能性：
预测的剪接模式
- 野生型剪接：仍有可能产生部分正常转录本。
- 4 bp插入：可能激活隐蔽剪接位点导致短片段插入。
- 外显子6跳跃：整个外显子6被跳过。
这些预测提示该变异可能破坏剪接受体功能，导致复杂的剪接后果，其中外显子跳跃是最可能导致功能丧失的模式之一。
实验验证：证实RDDC预测的外显子跳跃
研究团队随后通过多种实验手段对RDDC的预测进行了验证：
TA克隆测序
在患者及母亲（杂合携带者）的样本中，除了野生型转录本外，还检测到了外显子6缺失21bp、插入4bp以及外显子6完全跳跃三种异常剪接产物。
RNA-seq验证
患者样本中外显子6的测序深度显著低于其他外显子，直接印证了外显子6跳跃是主要的异常剪接事件之一。
迷你基因实验
迷你基因实验进一步证实了该变异确实促进了外显子6的跳跃。
实验结果（特别是TA克隆和RNA-seq共同证实的外显子跳跃）与RDDC预测的模式高度一致，明确了c.781-6G>A变异通过干扰mRNA剪接导致MTHFR蛋白结构异常，联合另一个错义突变共同引发了疾病。
案例启示
本案例有力证明，RDDC RNA Splicer是解析非经典剪接位点VUS致病性的强大工具。它能够提供精准、具体的分子机制预测（如外显子跳跃、碱基插入），有效指导后续的多组学验证实验（如RNA-seq、Minigene）。这种"RDDC预测 + 多组学验证"的技术路径为MTHFR缺陷及其他罕见遗传病的精准诊断和机制研究提供了宝贵的范例，凸显了AI预测工具在复杂剪接事件分析中的关键价值。
内容来源与免责声明
本文是对以下科学研究的编译和解读，旨在展示 RDDC 生信工具在其中的应用。所有研究数据和结论归原作者和出版物所有。
原始文献
Li W, Ma X, Sun Y, et al. RNA sequencing combined with whole-exome sequencing revealed familial homocystinemia due to MTHFR deficiency and its complex splicing events. Gene. 2025 Jan 15;927:148560. Epub 2024 Oct 21.
