RDDC的AI预测工具RNA剪接预测模型 (RNA Splicer) 在解析罕见遗传性凝血疾病的分子机制中展现了关键价值。一项针对低异常纤维蛋白原血症家系的研究中,该工具成功预测了一个位于FGA基因经典剪接位点的新型变异的功能后果。RDDC的预测结果(外显子跳跃)随后被RT-PCR和qPCR实验精确验证,不仅阐明了该变异的致病性,也为这类罕见凝血障碍提供了"预测-验证"的诊断范式。
研究挑战:鉴定新型剪接位点VUS的功能
本研究的焦点是一名22岁男性,因术前检查发现凝血功能异常(纤维蛋白原功能显著低于抗原水平)而被诊断为低异常纤维蛋白原血症。基因测序在其FGA基因中发现了一个新型的杂合变异:IVS2+1G>T (c.180+1G>T),位于2号内含子的经典供体剪接位点。该变异为新发突变(de novo),在人群数据库中未见报道,属于"意义未明变异"(VUS)。明确该变异如何影响FGA基因的mRNA剪接和蛋白功能,是确定其致病性的关键。
RDDC精准预测:揭示两种潜在剪接异常
为了在进行功能实验前评估IVS2+1G>T变异的潜在影响,研究团队使用了RDDC的AI预测工具RNA剪接预测模型。该模型基于先进算法,能够预测变异可能引发的剪接模式改变。针对该变异,RDDC预测了两种主要的异常剪接后果:
- 插入368 bp的2号内含子序列:这会导致读码框移位和提前终止密码子。
- 导致2号外显子(126 bp)跳跃缺失。
这两种预测都明确指向该变异将严重破坏mRNA的正常加工,导致产生截短的或内部缺失的纤维蛋白原Aα链蛋白,从而影响其功能。
实验验证:证实RDDC预测的外显子跳跃模式
研究团队随后通过体外细胞实验(迷你基因实验相关的RT-PCR和qPCR)对RDDC的预测进行了验证。实验结果有力地证实了RDDC预测的第二种模式:
- RT-PCR结果明确显示,该变异导致了2号外显子(126 bp)的跳跃缺失。
- qPCR结果进一步表明,与野生型相比,突变组的mRNA表达量显著下降,提示异常转录本可能不稳定或被降解。
In silico预测与in vitro实验结果的高度一致(均指向外显子跳跃),结合后续功能实验(纤维蛋白原聚集和凝固能力显著降低)及ACMG指南评估,最终将该VUS判定为致病性突变。
案例启示
本案例再次凸显了RDDC RNA Splicer在解析剪接位点VUS致病性方面的强大能力。它能够提供精准、具体的分子机制预测(如外显子跳跃),有效指导后续的功能验证实验,极大地提高了诊断效率。这种"RDDC预测 + 功能实验"的技术路径为遗传性纤维蛋白原缺陷症(CFDs)及其他罕见遗传性凝血疾病的精准诊断和机制研究提供了宝贵的范例。
内容来源与免责声明
本文是对以下科学研究的编译和解读,旨在展示 RDDC 生信工具在其中的应用。所有研究数据和结论归原作者和出版物所有。
原始文献:
王海坚¹, 郑霜¹, 余晓敏², 吴楷雯², 赵秘胜¹, 朱丽青². 1例FGA IVS2+1G>T杂合突变导致低异常纤维蛋白原血症的基因突变分析. 温州医科大学学报. 2024. (注:期刊及具体期卷页码信息不完整)
单位:¹温州市人民医院; ²(信息待补充).






