引言
在罕见病诊断中，in silico（计算机模拟）预测与in vitro（体外）实验验证的结合，是阐明新型变异致病机制的关键。RDDC中RNA剪接预测模型在这一过程中扮演了重要角色，尤其是在揭示看似"良性"或"意义未明"变异的隐藏致病性方面。在一项针对茹贝尔综合征（JS）家系的研究中，RDDC工具成功预测了一个CPLANE1基因的"错义"变异（VUS）实际上具有破坏剪接的功能。这一预测随后被功能实验完美证实，成功将该VUS重分类为"可能致病"（LP），为该家庭的产前诊断和遗传咨询提供了核心依据。
研究挑战：WES发现"意义未明"的错义变异
本研究的挑战源于一个有三次不良妊娠史（胎儿均有小脑蚓部发育异常等JS相关畸形）的家庭。全外显子测序（WES）发现先证者（胎儿）携带CPLANE1基因的复合杂合变异：一个是已知的无义突变c.8893C>T，另一个则是c.203C>T（p.Ala68Val）错义突变。由于c.203C>T变异在数据库中缺乏致病性证据，其ACMG评级为"意义未明变异"（VUS）。要为这个家庭提供准确的遗传咨询（如25%的复发风险和PGT建议），就必须首先明确这个VUS是否具有致病性。
RDDC精准预测：揭示错义变异背后的剪接异常
为评估c.203C>T这一VUS的潜在致病机制，研究人员使用了RDDC中RNA剪接预测模型。尽管这是一个错义变异（位于外显子区域），RDDC的AI模型分析认为其可能干扰了外显子剪接增强子（ESE）或沉默子（ESS）元件。RDDC的预测结果提供了清晰且具体的分子机制假说：该变异将导致3号外显子跳跃（Exon Skipping），进而产生移码突变和提前终止密码子（PTC）。
这一预测将一个看似仅影响单个氨基酸的"错义"变异，重新定义为一个可能导致蛋白质功能完全丧失的"剪接变异"。
实验验证：从VUS到"可能致病"（LP）的升级
基于RDDC的精准预测，研究团队迅速开展了功能实验（包括RT-PCR和NMD通路抑制剂实验）。实验结果有力地证实了RDDC的预测：
- 携带
c.203C>T变异的细胞，其mRNA确实发生了3号外显子跳跃。 - 这种异常剪接产生的PTC触发了无义介导的mRNA降解（NMD）通路，导致该突变等位基因的mRNA水平显著降低。
In silico预测与in vitro实验结果的完美契合，为该变异提供了关键的致病性证据（符合ACMG PS3标准）。因此，研究团队成功将c.203C>T变异从VUS重分类为"可能致病"（LP）。
案例启示
本案例有力地证明，RDDC RNA Splicer是WES数据分析中解析VUS致病性的强大工具，尤其擅长挖掘外显子变异（如错义或同义突变）背后隐藏的剪接致病机制。它能够提供精准、可验证的分子机制预测（如外显子跳跃），有效指导后续的功能实验，是连接基因型与表型、基础研究与临床应用（如植入前基因检测PGT）的重要桥梁。
内容来源与免责声明
本文是对以下科学研究的编译和解读，旨在展示 RDDC 生信工具在其中的应用。所有研究数据和结论归原作者和出版物所有。
原始文献：
Hong Z, Xiang S, Chen Z, et al. Unveiling the Pathogenic Role of Novel CPLANE1 Compound Heterozygous Variants in Joubert Syndrome: Insights Into mRNA Stability and NMD Pathway. Journal of Cellular and Molecular Medicine. 2025.
