引言
RDDC中RNA剪接预测模型(RNA Splicer)AI工具在解析46,XY性发育异常(DSD)等临床表型相似、遗传基础复杂的疾病中发挥了关键作用。在一项针对21例46,XY DSD无子宫患者的研究中,该工具成功预测了一个位于*LHCGR*基因经典剪接位点的新型变异的功能后果。RDDC的预测结果(外显子跳跃/内含子保留)随后被迷你基因(minigene)实验精确验证,不仅阐明了该变异的致病性(评级为LP),也凸显了"WES + RDDC预测 + 功能验证"模式在提升罕见病诊断准确性、指导遗传咨询和PGT中的重要价值。
研究挑战:WES发现剪接位点VUS
46,XY DSD无子宫患者的临床表型高度相似(如原发性闭经、外生殖器异常),导致精准诊断困难。本研究通过全外显子测序(WES)对21例患者进行分子病因分析,旨在发现新型变异。在这一过程中,研究团队在一个患者体内鉴定出了*LHCGR*基因的一个新型内含子变异:`c.680+1G>T`。该变异位于内含子8的经典剪接供体位点,在公共数据库中未见报道,是一个典型的"意义未明变异"(VUS)。要确定该VUS是否是导致患者表型的原因,必须明确其对mRNA剪接的具体影响。
RDDC精准预测:揭示功能丧失性剪接异常
为评估`c.680+1G>T`这一VUS的潜在致病机制,研究人员使用了RDDC中RNA剪接预测模型生信AI工具。RDDC的预测结果提供了清晰且具体的分子机制假说,指出该变异将破坏剪接供体位点,并可能激活隐蔽剪接位点,从而导致两种主要的异常剪接后果:
- 内含子保留
- 外显子跳跃
这两种预测都明确指向该变异将严重破坏mRNA的正常加工,导致产生截短的或功能异常的LHCGR蛋白,从而引发疾病。
实验验证与临床价值:从预测到精准诊断
研究团队迅速通过体外迷你基因实验对RDDC的预测进行了验证。实验结果有力地证实了RDDC的预测:携带`c.680+1G>T`突变的载体转染细胞后,确实产生了异常的转录本,与RDDC预测的剪接异常模式一致。*In silico*预测与*in vitro*实验的完美契合,为该变异提供了关键的致病性证据(符合ACMG PVS1+PS3标准),使其成功升级为"可能致病"(Likely Pathogenic, LP)变异。
本案例有力地证明,RDDC RNA Splicer是解析剪接位点VUS致病性的强大工具。它能够为WES发现的新型、罕见变异提供快速、可靠的功能预测,有效辅助临床进行致病性评估。这一"WES + RDDC预测 + 功能验证"的技术路径,不仅成功助力*LHCGR*变异的确诊,也为该研究中其他基因(如*NR5A1*)的分析提供了方法参考,显著提高了DSD的诊断准确性,并为家族遗传咨询和PGT等生殖干预措施提供了坚实的分子依据。
内容来源与免责声明
本文是对以下科学研究的编译和解读,旨在展示 RDDC 生信工具在其中的应用。所有研究数据和结论归原作者和出版物所有。
原始文献:
Ding L, Luo M, Deng S, et al. The clinical diversity and molecular etiology in 46, XY disorders of sex development patients without uterus. Orphanet Journal of Rare Diseases. 2025.






