引言
RDDC的RNA剪接预测模型（RNA Splicer）AI工具在先天性心脏病（CHD）的产前诊断中发挥了关键作用，特别是在解析非经典剪接位点变异的功能时。一项针对合并严重心脏畸形胎儿的研究中，该工具成功预测了一个位于PLD1基因深内含子区域的新型变异将导致异常剪接。这一预测随后被RT-PCR和TA克隆测序精确验证，不仅阐明了该变异的致病机制，也为该家庭的遗传咨询和后续植入前基因检测（PGT-M）提供了决定性的分子依据。
研究挑战：WES发现意义未明的内含子变异
本研究涉及一例孕24周胎儿，超声提示严重的右心发育异常（肺动脉闭锁、三尖瓣发育不良）。该孕妇此前已有一次因胎儿畸形引产的经历。为了明确此次胎儿CHD的遗传病因，研究团队对胎儿羊水及父母外周血进行了全外显子测序（WES）。
结果在胎儿的PLD1基因中发现了两个新型复合杂合变异：一个是来自父亲的错义突变c.1937G>C (p.G646A)，另一个是来自母亲的深内含子变异c.1062-59A>G。这两个变异均未在公共数据库中报道过，被ACMG评级为"意义未明变异"（VUS）。
特别是c.1062-59A>G这个内含子变异，其对基因功能的影响是判断其致病性的关键，也是进行产前诊断和遗传咨询的难点。
RDDC精准预测：揭示两种破坏性剪接模式
为了评估c.1062-59A>G这一VUS的潜在致病机制，研究人员使用了RDDC的RNA剪接预测模型AI工具。该模型基于先进算法，能够精准预测变异对mRNA剪接过程的影响。
预测结果
针对该变异，RDDC预测其可能导致两种主要的异常剪接后果：
- 76 bp的内含子序列插入（内含子保留）：这将导致读码框移位和提前终止密码子。
- 11号外显子跳跃：即整个11号外显子在mRNA成熟过程中被移除，同样引发移码和提前终止。
这两种预测结果都明确指向该内含子变异将通过破坏RNA的正常加工，导致PLD1蛋白功能丧失（Loss-of-Function），与已知的心脏瓣膜发育不良1型（CVDP1）的致病机制一致。
实验验证与临床应用：从预测到精准防控
基于RDDC清晰的预测，研究团队对胎儿及母亲的mRNA进行了RT-PCR和TA克隆测序分析。实验结果有力地证实了RDDC的预测：在胎儿和母亲的样本中，均检测到了11号外显子跳跃和76bp内含子保留这两种异常剪接产物。
临床结果
In silico预测与in vitro实验的高度一致，明确了c.1062-59A>G变异的致病性。这一关键的分子诊断结果，使得该夫妇能够做出知情选择，最终通过植入前基因检测（PGT-M）成功生育了一个健康的婴儿。
临床意义
本案例凸显了RDDC RNA Splicer在解析非经典剪接位点VUS功能方面的强大能力。它能够为WES发现的新型、罕见内含子变异提供快速、可靠的功能预测，有效辅助临床进行致病性评估，显著提高了CHD等罕见病的产前诊断率，并为遗传咨询和生殖干预（如PGT-M）提供了精准的分子依据。
内容来源与免责声明
本文是对以下科学研究的编译和解读，旨在展示 RDDC 生信工具在其中的应用。所有研究数据和结论归原作者和出版物所有。
原始文献
Zhu L¹,², Chen M¹, Shi Y¹, Huang X¹, Ding H¹. Prenatal detection of novel compound heterozygous variants of the PLD1 gene in a fetus with congenital heart disease. Frontiers in Genetics. 2024 Feb 7;15:1347883.
单位：¹宁波大学第一附属医院妇产科；²(信息待补充).
