引言
在X连锁Alport综合征（XLAS）的诊断中，获取合适的样本（如皮肤成纤维细胞或尿液细胞）来验证内含子剪接变异的功能既耗时又困难。一项创新性研究建立了一种非侵入性的高效检测体系（PHA诱导淋巴母细胞），并结合了RDDC中RNA剪接预测模型的精准预测能力。该研究中，RDDC成功预测了一个COL4A5基因新型内含子变异的致病性剪接效应，这一预测随后被淋巴母细胞、iPSCs和迷你基因（minigene）实验多重验证，为XLAS的分子诊断提供了重要的"预测-验证"范式。
研究挑战：WES发现顺式内含子VUS
本研究的挑战源于一个5岁的XLAS患儿。全外显子测序（WES）在其COL4A5基因中发现了两个位于同一条染色体（顺式, in cis）的内含子变异：c.465+29T>G 和 c.4822-12T>C。这两个变异均位于非编码区，在人群数据库中未见报道，属于"意义未明变异"（VUS）。要确定哪个变异是致病的，以及它们如何导致疾病，必须进行生物信息学预测和功能验证。
RDDC精准预测：锁定关键致病变异
为评估这两个VUS的潜在致病机制，研究人员使用了RDDC中RNA剪接预测模型。RDDC的AI模型对这两个变异给出了截然不同的预测：
预测结果
- 对于
c.465+29T>G：RDDC预测其对剪接信号影响不显著。 - 对于
c.4822-12T>C：RDDC预测该变异可能激活一个隐蔽的剪接位点，导致异常剪接。
RDDC的预测结果清晰地将研究焦点引向c.4822-12T>C，认为这才是关键的致病变异，并为其可能的致病机制（激活隐蔽位点）提供了明确的假说。
多重实验验证：证实RDDC预测的准确性
研究团队随后通过三种不同的实验方法对RDDC的预测进行了验证：
淋巴母细胞与iPSCs验证
通过将患者PBMCs诱导分化为淋巴母细胞和诱导多能干细胞（iPSCs）（均为COL4A5基因的有效表达模型），RT-PCR分析显示，c.4822-12T>C变异确实导致了外显子52的跳跃，产生了截短蛋白（p.M1601fsTer1）；而c.465+29T>G变异未引起剪接异常。
迷你基因实验
迷你基因实验：突变型载体（含c.4822-12T>C）转染细胞后，产生了331 bp的异常转录本（代表外显子52缺失），而野生型载体则产生504 bp的正常转录本。
验证结论
这三种实验的结果均与RDDC RNA剪接预测模型（RNA Splicer）的预测完全一致。In silico预测与in vitro实验的完美契合，不仅成功将c.4822-12T>C变异鉴定为致病性变异，也证实了c.465+29T>G为良性变异。
案例启示
本案例有力地证明，RDDC RNA Splicer是WES数据分析中识别和评估内含子VUS致病性的强大工具。它能够精准区分复杂（如in cis）变异中的"致病"与"良性"信号，其预测结果可以有效指导后续的功能验证。这种"RDDC预测 + 细胞模型/Minigene验证"的技术路径，不仅将诊断周期从15天缩短至3天，还为反义寡核苷酸（ASO）等基因治疗策略提供了明确的靶点（如c.4822-12T>C诱导的外显子跳跃），是推动罕见病精准诊疗转化的重要工具。
内容来源与免责声明
本文是对以下科学研究的编译和解读，旨在展示 RDDC 生信工具在其中的应用。所有研究数据和结论归原作者和出版物所有。
原始文献
Li Y, Tian R, Hei Y, et al. Detection of Pathogenic Intronic Variants for COL4A5 Gene in X-Linked Alport Syndrome: Developing a Novel Methodology. Human Mutation. 2025.
文献链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1155/humu/1443580
