BLAT是用于快速匹配25bp长度以上的序列，其匹配的相似度标准在95%以上。在此基础上，其匹配的结果可能会存在几个碱基的差异，目的是更好的匹配到相关的序列。而对于蛋白质序列的匹配，它的匹配相似度则是80%以上，长度至少为20个氨基酸。