ASO Predict使用说明
简介
ASO Predict是一款预测反义核酸（ASO）靶点的软件，计算外显子和其左右200bps 范围内最佳的ASO靶点。首先，ASO Predict利用 ViennaRNA 和 RNAstructure 来计算每一个可能的ASO与靶点的结合能量，然后利用poisson test选取具有统计学显著性高结合能量的靶点。
在筛选出的高结合能量靶点中，ASO Predict将计算他们的其他特性:
ASO的熔点
ASO的能量
ASO + ASO的能量
ASO的GC百分比
ASO靶点距离剪接受体点的距离
ASO靶点是否在外显子的启动子和沉默子重合
基于以上的6个特性，ASO Predict将对筛选出的高结合能量靶点进行排序，排序越高的作为ASO的靶点效果越好。
操作说明
预测信息输入
ASO提供的2种预测方式为基因组预测、基因预测
基因组预测
选择物种: ASO Predict目前仅支持人类和小鼠两个物种的ASO设计。其中，Homo Sapiens（GRCh37）和Homo Sapiens（GRCh38）分别表示人类GRCh37版本和人类GRCh38版本的基因组，Mus Musculus（GRCm38）表示家鼠GRCm38版本的基因组。
选择染色体: 染色体序号用于准确匹配到对应的外显子序列。在生物学中，人类的染色体包括22条常染色体和X，Y两条性染色体，小鼠的染色体只包含19条常染色体和X，Y两条性染色体。
选择正负链: 由于碱基之间的互补配对原则，一条DNA链是由两条互补的DNA单链组成。其中一条DNA单链与其对应的mRNA序列一致，这条DNA链被称为正链，另一条DNA链则被称为负链。
在“预测区间”输入框中填入突变位置
选择ASO长度: ASO的长度会影响到ASO的作用效果，ASO Predict发现，ASO的长度在20-25之间可以发挥很好的效果。
预测信息样例: Homo Sapiens（GRCh38），chr7，正链，1232872-1233291，20
基因预测
输入一个想要预测ASO靶点的基因
选择对应的转录本ID
选择想要ASO的外显子，系统会在“预测区间”中自动带出该外显子的坐标（该坐标为基因的相对坐标）
选择ASO长度: ASO的长度会影响到ASO的作用效果，ASOpredict发现，ASO的长度在20-25之间可以发挥很好的效果。
预测信息样例: COL4A5，NM_033380.3（ENST00000328300），Exon 1，1-369，20
预测结果
浅蓝色代表外显子/输入序列，灰色代表外显子/输入序列前后200bps。浅蓝色的点代表可能的ASO靶点在外显子/输入序列上，灰色的点代表可能的ASO靶点在非输入的序列上。纵轴代表可能的ASO与靶点的结合能量值。
X 轴: 输入序列坐标
Y 轴: ASO与靶点的结合能量值
Intensity score: ASO的熔点，ASO 的能量，ASO + ASO的能量，ASO的GC百分比 和 ASO 靶点距离剪接受体点的距离的归一化值之和
Start: 外显子/输入序列 前后200bps的相对起点坐标
End: 外显子/输入序列前后200bps的相对终点坐标
OES: 是否和外显子的剪接增强子和沉默子重合
