小鼠
Tph1 - tryptophan hydroxylase 1
别称:
Tph
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基础信息
物种序列比对
转录本 & 蛋白质
基因表达量
蛋白相互作用
相关模型
文献报道
这个基因编码一个依赖生物素的芳香族氨基酸羟化酶家族的成员。编码的蛋白质是两种催化血清素生物合成中的第一个和限速步骤的色氨酸羟化酶之一。这个基因在外周器官中表达,而色氨酸羟化酶2在神经元中表达。编码的蛋白质参与低氧诱导的肺压力和肺血管重构升高的发展,并被认为是一种免疫耐受调节剂。这个基因的破坏与心脏功能紊乱有关。选择性剪接导致多个转录变异体。[RefSeq,2013年2月提供]
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基础信息
NCBI
转录本
外显子
基因长度
分子量
相关模型
参考文献
5
11
27897 bp
51.34
12
10
Tph1遗传学信息(-)
GRCm39
Chr 7: 46294065 - 46321961
Tph1附近基因:6
物种序列比对
同源小鼠基因:
同源人类基因:
同源大鼠基因:
基因长度
人类
Chr 11
28715 bp
小鼠
Chr 7
27897 bp
大鼠
Chr 1
21041 bp
外显子数量
人类
NM_004179.3
11
小鼠
NM_001136084.2
11
大鼠
NM_001100634.3
11
转录本长度
人类
NM_004179.3
4826 bp
小鼠
NM_001136084.2
4251 bp
大鼠
NM_001100634.3
3899 bp
同源性
序列比对
人类
NM_004179.3
85.3%
小鼠
NM_001136084.2
100%
大鼠
NM_001100634.3
92.9%
蛋白质长度
人类
NP_004170.1
444 aa
小鼠
NP_001129556.1
447 aa
大鼠
NP_001094104.1
444 aa
蛋白质同源性
序列比对
人类
NP_004170.1
89.5%
小鼠
NP_001129556.1
100%
大鼠
NP_001094104.1
95.3%
转录本 & 蛋白质
当前研究发现,Tph1基因存在5种不同的转录本和5种不同的蛋白质变体。
表格展示
图形展示
#
转录本
长度(nt)
外显子数量
CDS(bp)
蛋白质
长度(aa)
1
4251
11
1344
NP_001129556.1
447
2
4562
11
1344
NP_033440.1
447
3
612
4
468
NP_001263301.1
155
4
4878
12
1344
XP_036008805.1
447
5
4161
10
1032
XP_011249148.1
343
* 该模块数据来源于NCBI
基因表达量
RNA组织特异性表达
系统排序
表达量排序
字母排序
神经系统
内分泌&免疫系统
呼吸循环系统
消化系统
泌尿&生殖系统
其他
蛋白相互作用
作用方式
上下游
作用机制
物种
组织
细胞
作用蛋白
调控方式
调控细节
作用机制
靶蛋白
氨基酸残基
参考文献
分值
图标
活性
磷酸化
Tph1
1
1
0.375
共1个结果, 每页展示10条
1
相关模型
类型
名称
MGI
品系来源
文献数量
突变类型
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文献报道
文献数量
标题
PMID
期刊
年代
IF
Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection.
Nature
2001
64.8
Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs.
Nature
2002
64.8
Serotonylation of small GTPases is a signal transduction pathway that triggers platelet alpha-granule release.
Cell
2003
64.5
Lineage-specific biology revealed by a finished genome assembly of the mouse.
PLoS biology
2009
9.8
Normalization and subtraction of cap-trapper-selected cDNAs to prepare full-length cDNA libraries for rapid discovery of new genes.
Genome research
2000
7
RIKEN integrated sequence analysis (RISA) system--384-format sequencing pipeline with 384 multicapillary sequencer.
Genome research
2000
7
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).
Genome research
2004
7
Characterization and chromosomal mapping of a cDNA encoding tryptophan hydroxylase from a mouse mastocytoma cell line.
Genomics
1990
4.4
High-efficiency full-length cDNA cloning.
Methods in enzymology
1999
1.7
Antisense transcription in the mammalian transcriptome.
Science (New York, N.Y.)
2005
--
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