白化病诊断中剪接变体的功能表征

一、研究背景与目的

白化病是遗传异质性疾病，已知21个相关基因，多数为常染色体隐性遗传。外显子序列分析仅能诊断约70%患者，15%未解决病例为单一致病变异杂合子。推测缺失变异可能在非编码区，故对122例杂合患者进行全基因组或含5基因内含子及侧翼序列的NGS Panel测序，以鉴定影响RNA剪接的变异，提升诊断率。

二、研究方法

对象：122例携带单个ACMG4/5类致病变异的白化病杂合患者。

检测：筛选出在gnomAD数据库中次要等位基因频率（MAF）≤0.001的变异，使用多种算法预测其对RNA剪接的影响。对14个与首个变异处于反式位置的候选变异，通过RT-PCR和/或minigene检测进行功能验证。

三、研究结果

诊断率提升：在122例患者中，通过WGS或NGS Panel测序，结合生物信息学预测，筛选出37个可能影响RNA剪接的变异。37个预测影响剪接的变异中，14个反式变异经实验验证，9个致外显子跳跃或假外显子插入，助11例患者确诊，补充诊断率9.8%（12/122），反式变异患者中达75%（12/16）。

RDDC工具作用：

预测剪接异常：如OCA2基因c.2433-22889T>A变异，工具预测激活隐蔽剪接位点，致159bp假外显子插入，RT-PCR和测序证实该异常，且产生提前终止密码子，从而确定该变异的致病性。

辅助机制分析：患者4的同义变异c.1857C>T，工具预测影响剪接，虽未致外显子跳跃，但关联77bp假外显子插入，为机制研究提供方向。

指导实验设计：SLC45A2基因c.1157-765C>G变异，工具预测形成新剪接位点，致275bp假外显子，RT-PCR扩增及测序验证了该结果与提前终止密码子的产生，明确了该变异的致病性。

四、研究结论

本研究通过对122例白化病杂合患者的全基因组或NGS Panel测序，结合生物信息学预测和功能验证，证实了非编码区变异（尤其是深内含子变异和同义变异）在白化病发病机制中的重要作用。研究结果表明，系统性地搜索非编码变异并对其进行剪接效应检测，可显著提高白化病的诊断率。RDDC的RNA Splicer工具在预测变异对 RNA 剪接的影响方面具有重要价值，为后续的功能验证实验提供了可靠的理论依据，有助于深入理解白化病的分子致病机制，并为遗传咨询和精准诊断提供了新的思路和方法。

RDDC网站上的AI工具在每次预测时均会进行全新计算，因此不同次的预测结果并非固定不变。