PI4KA基因中的同义突变影响转录和翻译过程

一、研究背景与目的

PI4KA基因编码磷脂酰肌醇4-激酶α（PI4KIIIα），在磷脂酰肌醇代谢途径中起关键作用，其产物PI-4-P是细胞膜的重要标志物，参与信号传导。PI4KA突变与多种常染色体隐性遗传病相关，包括神经系统异常、肠道缺陷和免疫缺陷综合征（GIDID2）。本研究报道一名新生儿出现败血症、严重腹泻和免疫球蛋白水平降低的症状，旨在探究其致病机制。

二、研究方法

研究对象：一名早产女婴，临床表现为持续性腹泻、败血症和免疫异常。

基因检测：通过全外显子测序发现PI4KA基因的两个新型复合杂合突变：c.5846T>C（p.Leu1949Pro）和c.3453C>T（p.Gly1151=），分别来自父亲和母亲。

功能验证：使用RNA Splicer工具预测c.3453C>T突变对剪接的影响，并通过RT-PCR和minigene剪接实验验证。通过体外激酶活性实验评估c.5846T>C突变对PI4KIIIα功能的影响。

三、研究结果

• 3453C>T（同义突变）：

利用 RDDC 的 RNA Splicer 工具分析显示，同义突变 c.3453C>T（位于外显子 30 与内含子 30 交界处）可能导致两种异常剪接模式：①mRNA 中 5 bp 缺失（GTGAG），形成移码突变及提前终止密码子（p.Gly1151GlyfsTer17）；②外显子 30 跳跃（93 bp 缺失）。该预测为后续实验提供了理论基础。RT-PCR 和 minigene 剪接实验证实，c.3453C>T 突变导致 mRNA 中 5 bp 缺失，与 RDDC 工具预测的第一种剪接模式完全吻合，突变转录本仅占正常转录本的 1/4，提示无义介导的 mRNA 降解（NMD）参与调控。

• 5846T>C（错义突变）：

错义突变 c.5846T>C 致第 1949 位亮氨酸替换为脯氨酸，保守性分析显示该位点高度保守，体外实验证实其导致 PI4KIIIα 激酶活性完全丧失。

• 临床关联：

患儿症状与 GIDID2（OMIM: 619708）吻合，结合基因功能验证结果，确诊为联合免疫缺陷合并肠道疾病。

四、研究结论

本研究首次报道PI4KA基因中的同义突变c.3453C>T通过影响mRNA剪接导致疾病，扩展了PI4KIIIα缺陷相关疾病的突变谱。结合临床特征和功能验证，患儿被诊断为接近GIDID2的联合免疫缺陷和肠道疾病。研究结果为遗传咨询提供了精确信息，并提示免疫调节剂可能对治疗此类疾病有效。

RDDC网站上的AI工具在每次预测时均会进行全新计算，因此不同次的预测结果并非固定不变。